Este Programa, combina elementos teóricos y prácticos, ofrece flexibilidad a través de las diferentes variantes de organización y cuenta con un claustro de profesores y tutores que forman parte del Centro Colaborador de la Organización Panamericana de la Salud (OPS) para el estudio de la Tuberculosis y otras Micobacteriosis, y, por lo tanto, se encuentran altamente calificados y especializados en las materias que imparten. Los profesionales al culminar la Maestría puedan realizar el diagnóstico de las enfermedades de etiología bacteriana y micótica por métodos directos o indirectos, así como transmitir los criterios bacteriológicos y micológicos para la elaboración de medidas de prevención y control de las enfermedades provocadas por bacterias y hongos.
El Programa está conformado por tres Diplomados independientes pero relacionados entre sí, Investigación Científica en salud, Bacteriología clínico-epidemiológica y Micología clínico-epidemiológica. Dentro de los Diplomados, imparte un total de 23 Cursos independientes, tres Ejercicios Integradores (uno en cada diplomado), tres Talleres de Tesis y un Taller metodológico final. Culmina el Programa con la presentación y defensa de un trabajo de investigación (Tesis) que responde en todos los casos a una de las líneas de investigación del IPK.